世界卫生组织（WHO）表示，只要正确使用微波炉无需担心辐射问题。微波辐射完全无害，微波炉使用的是低频电磁辐射，与灯泡和收音机中使用的电磁辐射相同。
虽然微波炉总体上是非常安全的，但在用它烹制和加热食品时还需要注意许多事项。
第一、不要超时加热，否则菜肴的色、香、味都会受到影响，过度加热的食物会丧失很多水分而变干。此外，超时加热导致温度过高，可能改变分子之间的自动连接，诱发突变，造成食材变质。
第二、塑料容器或包装在加热过程会令塑料添加剂分解并浸入食物中。一般来说，打包食物的塑料饭盒、塑料袋等塑料制品不宜放入微波炉加热，如果容器变形融化，会放出有毒物质，污染食物，危害人体健康。
第三、不可使用金属容器，微波无法穿透金属容器，微波炉加热时会产生火花，不仅会损伤炉体还会引发爆炸。笔者曾在微波炉加热用铝箔纸包的汉堡，里面突然爆炸起火。最好是选用微波炉专用容器。
第四、注意透气性。加热的过程中如果使用保鲜膜一定要留有透气孔，或在保鲜膜上用牙签戳几个小孔，如果使用容器不要将盖子盖严，因为在封闭容器内食物加热产生的热量不容易散发，使容器内压力过高，易引起爆炸事故。
第五、不能放入微波炉的食物：带壳、带皮、密封包装的食物。鸡蛋、栗子、葡萄及盒装牛奶等食物，经微波炉加热会爆开。尤其是鸡蛋，常传出微波后爆开的事件。
