工程企业需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税
一般纳税人企业的增值税征收率为3%，即销项税额减去进项税额的差额。一般情况是按月度申报，目前没有增值税税收优惠政策。
增值税的计算公式为：工程增值税=不含税营业收入×适用税率。一般纳税人选择一般计税法的适用增值税税率9%；一般纳税人选择简易计税法和小规模纳税人的适用增值税税率3%。
城市维护建设税
根据缴纳的增值税额来计算，税率按照工程所在地的城乡类型不同分别确定税率，市区为增值税额的7%，乡镇为增值税额的5%，其他为增值税额的1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加为增值税额的3%，地方教育费附加为增值税额的2%。
印花税
建设工程施工合同需要缴纳印花税，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》规定，建筑安装工程承包合同的印花税率按合同承包金额万分之三计算。
企业所得税
一般纳税人工程企业需要缴纳企业所得税，小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税。
企业所得税的税率根据企业利润的不同而有所差异，具体税率如下：
3万元（含3万元）以下：18%
3万--10万元（含10万元）：27%
10万元以上：33%。
个人所得税 （代扣代缴）：
施工总承包需要代扣代缴个人所得税。
其他税种
建筑行业还可能涉及营业税、房产税、土地使用税等。
综上所述，工程企业需要缴纳的税种和税率根据企业类型、业务性质以及工程所在地的不同而有所差异。建议工程企业在实际操作中，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保准确合规地缴纳税款。
